肛瘘手术以后，由于局部伤口属于炎性伤口，早期会有分泌物褪去。分泌物主要是伤口的一种自洁现象，属于肛瘘手术后常见的正常分泌物，不用过度担心，每天需要由专业的肛肠医生，对肛门局部的伤口进行消毒以及换药处理，需要局部使用油纱条加压引流。如果是高位复杂性肛瘘或者肛瘘的位置较深，还可以置入引流管，防止局部伤口形成假性愈合。
肛瘘术后至少得两到三个月才能完全愈合，挂线疗法就是为了防止瘘口愈合，导致肛瘘内的废物出不来，现在又分泌物能出来这属于正常恢复，治疗肛瘘要有耐心，平时饮食注意避免刺激性食物，戒烟戒酒。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
肛瘘进行手术后，是比较简单的肛瘘，住院10天左右就可以恢复，如果是比较复杂的肛瘘可能20天左右才可以恢复，在恢复期间每天都需要消毒、清洗、换药才可以加快恢复速度。