肛瘘大多是由直肠肛管周围脓肿引起。临床常规分型分为低位肛瘘、高位肛瘘。确诊肛瘘只能是手术治疗，其没有自愈的可能性。具体手术方法取决于瘘管内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系，例如瘘管切开术、挂线疗法、肛瘘切除术等。
肛瘘是一种肛肠疾病，肛瘘是肛门直肠瘘的简称，是发生在肛门直肠周围的脓肿溃破或切口引流的后遗病变。典型的肛瘘就是一根通畅的完整的管道，一头在肛窦，一头在肛缘外，或在直肠壁。引发肛瘘的原因有：肛肠脓肿、异物损伤、肛裂反复感染、结核等。
肛瘘引起原因与肛周脓肿、直肠肛门损伤、肛门裂反复感染等有关，由于生活习惯有长期便秘，经常食用刺激性的食物，上厕所时喜欢长期蹲厕所，都是肛瘘的致病因素。可以先用药物治疗，如果药物治疗效果不好，可以选择手术治疗。饮食注意宜食富含纤维素的食物，忌食辛辣、油炸食品，保持排便通畅。
肛瘘多是由于直肠肛管周围脓肿引起，当炎症严重、深部脓肿或脓肿引流不畅，或者肥胖及患有糖尿病，才容易形成肛瘘。内口多在齿状线上肛窦处，脓肿自行破溃或切开引流处形成外口，位于肛周皮肤上。
导致肛瘘的主要原因是解剖学的因素。肛腺在大便的时候起润滑作用，它会分泌一些粘液性的东西，防止大便太干燥。肛腺不发达的人在大便太干燥的时候，容易感染以后形成肛瘘。还有一些体质的因素。包括人过度劳累，这时候就容易抵抗力下降，进而细菌也就容易繁殖起来。喝酒、吃火锅、麻辣食物也会刺激它的产生。