肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛周脓肿，局部红肿、热痛，皮肤破溃后有脓液流出。建立正常的膳食习惯因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃，应多吃清淡含丰富维生素的食物，如绿豆，萝卜，冬瓜等新鲜蔬菜，水果，对经久不愈的肛瘘多为虚证，饮食上多吃含蛋白质类食品，如瘦肉，牛肉，蘑菇等。
在急性炎症期和复杂性肛瘘反复发作时，可出现不同程度的发热、或伴有消瘦、贫血、体虚等长期慢性消耗症状。大部分肛瘘由直肠肛管周围脓肿引起，因此内口多在齿状线上肛窦处，脓肿自行破溃或切开引流处形成外口，位于肛周皮肤上。
肛瘘复发的症状有，由于黏膜处病菌侵袭导致了感染化脓从而引发了红肿出现，然后再者就是出现了明显的流脓症状，紧接着身上出现臭味、色黄而浓厚的分泌物。或者如果刀口有一处总是不愈合，就是应该是复发了。
肛瘘常常会伴有肛周的干痒和有脓肿出现，也会使肠胃发生不适出现腹胀，腹痛的症状，排便也会受到影响，而且反复发作，长时间不愈合，和愈合以后很快又会肿痛破溃，肿痛和破溃这两种病症是交替出现。甚至伴有出血的症状。肛瘘这种病，是由肛周脓肿发展而来的。
流脓。肛瘘的初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，如果过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。疼痛。肛瘘畅通时无疼痛感，仅有局部坠胀感，但也有因内口较大，粪便流入管道而引起疼痛，尤其是排便或有炎症时疼痛加剧。