肛瘘的治疗，保守治疗和用药是无效的，只能起到心理安慰作用没有临床效果。此病的治疗只能通过手术或者激光找到内口，切开内口才能痊愈，肛瘘手术一般愈合周期需要一个月，一周左右就可以正常工作，主要是需要每天大便后温开水坐浴，保持伤口清洁，每天换药一次就可以了。
肛瘘进行手术后，是比较简单的肛瘘，住院10天左右就可以恢复，如果是比较复杂的肛瘘可能20天左右才可以恢复，在恢复期间每天都需要消毒、清洗、换药才可以加快恢复速度。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
肛瘘手术后愈合时间可能需要1个月、2个月甚至更长。所以肛瘘手术后的愈合周期，要视感染范围、创面大小、深浅而定。恢复过程中要重视术后伤口的护理，耐心接受伤口的护理、换药等后续治疗。
术后一周到两周能够恢复，而复杂性的肛瘘，蹄铁型的肛瘘，高位肛瘘的病人需要分次手术或者是选择挂线疗法，手术以后每两天到三天收紧挂线一次，这种恢复的时间就比较长，大概两周到三周，术后也要积极的进行静脉抗感染治疗，坚持每天进行换药。