肛门囊肿一发现要尽快的治，肛门囊肿如是肛周脓肿的，如果想断根需要做手术，如果不做断根手术，任他发展容易形成肛瘘，如果注意，会形成多个瘘管，加深手术的复杂性和疼苦。平时注意护理，可外用药，早晚空腹喝一杯蜂蜜水，有润肠通便的功效。
表浅脓肿可选择口服光谱抗生素，对范围相对大的脓肿需联合用药。早期通过积极的手术治疗，绝大部分肛管直肠周围脓肿可获得理想的效果。高位脓肿病情复杂，存在反复发作可能。极少数因感染过重，可造成死亡。
肛周囊肿最多见的就是皮脂腺囊肿，或者是浅表的感染之后继发的囊肿，会有明显的肿物，或者病人出现排便异常，甚至排便不成形，排便困难；反复的刺激也会导致大便带血，进而影响到病人的生活或者工作。
得了肛周囊肿要去相关机构进行检查治疗。可以多吃新鲜蔬菜水果补充营养，也可以通过一些食补，比如鸽子汤、黑鱼汤等补充元气。但是在饮食上是需要忌口的，就是辛辣刺激食物不能吃，还要戒烟戒酒。
用电刀和电镊即可。放射状或弧状电刀切开脓腔，并彻底打开各个分隔，同时尽量清除坏死组织，电镊进行有效止血，避免结扎线，防止脱落后残留体内形成窦道；若切开引流，治疗方法和瘘管基本相同。
轻微肛周囊肿如果程度严重，经过治疗，一般至少一个月左右的时间才能坐行自如了，但也因每个人的情况而异，年龄、身体素质、病情严重程度、有无并发症、是否合并其他疾病等这些因素会影响恢复时间。