做肠镜检查基本上是不会感染疾病的。腔镜室一般会有几套内镜，每个病人检查完以后，会进行清洗、消毒之后才会给下一个病人检查应用，消毒以后的肠镜基本上不有会致病的细菌和病毒等。
结肠镜室肠道疾病检查的常规，结肠镜属于侵入式检查交叉感染的风险，做胃、肠镜检查的病人都要做传染病筛查，降低交叉感染的风险。如果传染病的病人检查后，胃、结肠镜需要进行特殊模式的消毒。
做肠镜一般是不会出现交叉感染的。内镜检查内镜在完成一例检查之后要经过非常严格的消毒，要经过搓洗、漂洗、酶洗、消毒、干燥等多个程序，一般经过这些处理以后常见的致病菌是完全可以杀灭的，所以在临床上做肠镜不要担心有交叉感染情况的出现。
去正规医院检查肠镜，是不会感染艾滋病的。正规医院在检查肠镜之前需要对检查者做身体检查，包括艾滋病的检查，但不排除有些艾滋病者感染可能处于窗口期，所以做完肠镜检查之后，会对肠镜进行彻底消毒，包括对于艾滋病病毒的一个针对性消灭，防止肠镜有窗口期感染的艾滋病病毒存在。
如果去正规医院检查肠镜，是不会感染艾滋病的。正规医院在检查肠镜之前需要对检查者做身体检查，包括艾滋病的检查，但不排除有些艾滋病感染可能处于窗口期，所以做完肠镜检查之后，会对肠镜进行彻底消毒，包括对于艾滋病病毒的一个针对性消灭，防止肠镜有窗口期感染的艾滋病病毒存在，所以在正规医院检查肠镜时是不会感染艾滋病的，但如果去一些非正规医院检查肠镜，消毒环节，以及检查环节，可能不够严谨，就有可能感染艾滋病。
胃镜肠镜一般不会感染乙肝病毒，只要患者到正规医院进行胃镜、肠镜检查等，都有一定的安全保障。
由于在检查前医院要先让患者接受艾滋病，乙肝，丙肝，梅毒等传染病的检测，当结果为阴性时，再接受胃肠镜检查。如检验结果为乙型肝炎时，院方将采用特殊胃镜或肠镜，并和普通病人隔离开来，且在每一次检验后，都将彻底消毒，可有效地避免交叉感染。
