肛瘘挂线掉落之后，伤口一般很快就会愈合了，只要做好换药和清洗的工作，没有发炎的情况，两个礼拜左右就能够慢慢愈合了，在掉线之后一定要注意每天都保持伤口清洁干燥，否则是会出现发炎，如果一旦发炎应该尽快治疗。
一般术后几乎不会复发。如果是高位复杂肛瘘，即使到正规机构，由富有经验的肛肠科医生实施手术，仍然有比较高的复发几率。所以，肛瘘术后复发率不能一概而论，要看是低位单纯肛瘘还是高位复杂肛瘘，高位复杂肛瘘术后甚至有50%的复发几率。
肛瘘挂线手术是目前治疗肛瘘最有效最常用的方法，手术腰麻下进行，手术过程中是感觉不到疼的，手术操作首先将窦道探明，就是将皮筋从窦道外口穿入，内口穿出，然后经肛门打结，勒紧，术后通过皮筋持续性收缩，逐渐将窦道勒豁，然后窦道从里向外愈合。
一般去肛肠科进行系统治疗，平时要多补充粗纤维食物，保持大便通畅，温水坐浴，肛门保持局部卫生，内裤及时更换和暴晒。肛瘘是一种肛管直肠间隙感染的现象，一般和肛周脓肿反复发作有关系。可以出现多个肛门多个瘘口和大便形成。可以采取低位挂线治疗。
挂线疗法是利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，使结扎处组织发生血运障碍坏死，以缓慢切开肛瘘，炎症反应引起的纤维化使切断的肌肉与周围组织粘连，肌肉不会收缩过多且逐渐愈合，还可防止大便失禁。