可以在肛门的周边发现一个肿块，摸起来比较坚硬的肿块，有的患者会间断的出现肿痛、流脓。挤压可排出少量脓液或脓性分泌物。较大的高位肛瘘外口可排出粪便及气体。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘和痔疮是两个疾病，肛瘘是肛腺感染引起的肛周脓肿破溃后发展而来的，而痔疮是肛垫下移或者静脉曲张引起的。这两个疾病如果手术，一般选择腰硬联合麻醉，手术过程中不会有疼痛的感觉。肛门周围神经丰富，对疼痛十分敏感，一般术后都会有不同程度的疼痛。随着平衡镇痛技术的不断发展完善，术后疼痛程度越来越轻。所以，不必过于担心，避免因为害怕疼痛而耽误治疗。
术后的二十四小时之后，要将伤口里面的填充物取出来，按时服用抗生素。肛瘘术后四十八个小时之后促进排便。日常要适当地做肢体动作，可以增强体质，对伤口的恢复更加快速。
轻微肛瘘症状，流脓，肛瘘流脓的程度与瘘管的长短、多少是有一定关系的，新生的瘘管流脓较多，分泌物不断的刺激皮肤，出现瘙痒的症状，而且瘘管内的脓液积聚也会出现肿胀疼痛，甚至会引起发烧，而且瘘管外口排出的脓液一般是血性有粘稠性的，比较深的高位肛瘘，还会有粪便和气体排出。