肛瘘是肛腺感染引起的，多由肛周脓肿破溃发展而来。肛瘘一旦确诊，应该在充分准备后及早手术治疗。病情越轻，创面越小，术中并发症越少，术后恢复越快，术后复发率越低，手术效果越好。术前应该充分完善相关检查，排除结核性肛瘘和克罗恩病性肛瘘。术后要注意保持肛周创面清洁，避免创面局部刺激，保持大便顺畅，避免腹泻便秘，避免刺激性饮食。
一般不能自愈，即使病情再轻，都需要一定的处理，可能有的一些中医采用一些药物治疗，会有一定的疗效，病情较轻的治疗后不会再次发作；但多数病人，肛瘘会反复发作引起瘘管走行加深，可能会引起多个支管，所以一旦确诊为肛瘘，建议及时手术治疗，可能会有较好的疗效，避免病情迁延不愈，带来更为严重的并发症。如果病程过长，会使肛门括约肌纤维化，造成肛门失禁及肛门狭窄的可能。
轻微肛瘘一般需要手术治疗。很难自愈，术后伤口敷料更换的好坏，是手术成功与否的一个关键问题。即使手术成功，若忽视了伤口的敷料更换，手术也常易失败。除此之外，在手术后的饮食习惯方面也要多加注意，正确科学的饮食方法对于肛瘘一般需要手术治疗。
肛瘘并非要全部手术治疗，可以中医保守治疗避免手术，排除脓血和腐肉，愈合好内口和外口可以恢复很好的，饮食多注意不吃辛辣刺激性食物和牛羊肉和海鲜，酒要先禁止引用。肛瘘的早期症状大多会表现在肛周脓肿上，有些有内口、外口，有些表现症状没有，但能摸到瘘管，大多都是直肠壁感染形成的，肛周脓肿不一定都是肛瘘的，早期的及早治疗可以避免诱发肛瘘。
疼痛：瘘管通畅无炎症时常不感疼痛，只感觉局部发胀和不适，行走时加重。全身症状：在急性炎症期和复杂性肛瘘反复发作时，可出现不同程度的发热、或伴有消瘦、贫血、体虚等长期慢性消耗症状。排便不畅。