肛瘘的临床表现常有排便困难、狭窄、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等症状。继发感染时有不同程度的体温升高等全身症状。脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。
轻微肛瘘临床表现是常有排便困难、狭窄、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等症状。局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻，大部分病人可在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛。
肛周湿痒：由于脓液刺激，局部潮湿、瘙痒，可见湿疹样改变；排便不畅：见于复杂性肛瘘，肛管纤维化狭窄。有肛管直肠周围脓肿史，管道外口有反复溃破流脓的特点，有间断性肿胀、疼痛；癀口溢脓：脓液稀薄，或多或少，时有时无，或排气，或有粪便流出。急性炎症期溢脓较多，脓稠浊带有臭味，伴有发热。
肛瘘早期主要症状表现为局部的红、肿、疼痛以及发热。典型症状以反复发作的局部红肿、破溃、流脓为主。多数病人早期感觉肛门周围出现脓包，部分病人误以为痔疮没有引起重视，延误病情，导致肛周红肿范围扩大，形成肛瘘。肛瘘不能自愈，常需手术治疗。病人出现肛门周围肿痛、破溃、流脓且反复发作时，应立即到专业医院就诊治疗。
肛瘘分为外瘘和内瘘。肛瘘是指肛管直肠与肛门四周皮肤相通的肉芽肿性管道，民间又称为“偷粪老鼠”，由内口、瘘管、外口三部分组成。内口位于齿线四周；外口位于肛周皮肤上，以30岁-40岁中年人为主，多见于青壮年男性。临床症状有流脓血性、粘液性分泌物，肛门潮湿、肛门瘙痒，肛门湿疹，间歇性反复发作，不能自愈。
肛瘘的临床表现应该是有时不自主的从肛门流出一些液体的，有时还会有便血的现象。甚至出现全身的症状。它的治疗目标是尽可能减少括约肌损伤，消除肛瘘内口和任何相通的上皮化瘘管。