高位肛瘘有如下的治疗方法，手术以及饮食治疗。如果采取手术的治疗方法，在必要的时候还可以查看MRI，以便可以及时作出较为精确的确诊，从而可以防止手术的盲目性。病患如果采取饮食的治疗方法，多吃干果，少吃含有高蛋白、高胆固醇的食物。
应选手术治疗，内口的存在，脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源如肛窦炎、或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管；肛门部不能静养，脓腔不易粘合：排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。
治疗肛瘘的方式就是手术治疗。肛瘘手术有很多种，比如瘘管切开术、肛瘘切除术、挂线疗法等。首先尽可能的保持肛门部位的干燥清洁，便后应该要用温水坐浴。在日常的生活中，要避免便秘或者是腹泻。
肛瘘的治疗方法主要是通过手术方式，手术的原则是将瘘管彻底的切开或者切除，形成敞开的创面促进它的愈合。它最大的优点是不会造成严重的肛门失禁，同时具有操作简单，出血少，换药痛苦较小的优势。
得了肛瘘以后，首选的就是手术，唯一的方法也是手术，其他的方法都只是缓解症状，而治疗肛瘘的手术又分很多种，好比肛瘘切开术、肛瘘的剔除术、瘘管剔除术，还有什么补片的填充，免疫制剂的填充等，各种方法很多。