首先肛瘘感染发炎后，肛门疼痛剧烈，破溃后脓水污染内裤，脓汁刺激局部皮肤，肛门瘙痒剧烈，久而久之可使皮肤虚弱，消瘦，精神不振，抗病能力下降，发作越频繁。肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延，而形成多发性复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘是肛门周围皮肤与直肠管壁之间的异常通道，是由于肛窦发生感染后形成的肛周脓肿破溃了，导致肛瘘的发生。由于直肠内粪便、体液、细菌等不断由直肠内口进入瘘管，导致瘘管反复不能愈合，可以去医院进行治疗。
流脓是肛瘘的主要症状之一，早期的时候会发现在肛门口有一个硬结，用手可以摸到，按压的时候会有少量的脓液流出。由于肛瘘的瘘管被堵住流通不顺畅就会发生局部的肿胀，引起痛感，偶尔还会伴有全身发热的体征。肛瘘还伴有排便不畅、瘙痒等并发症。
轻微肛瘘症状，流脓，肛瘘流脓的程度与瘘管的长短、多少是有一定关系的，新生的瘘管流脓较多，分泌物不断的刺激皮肤，出现瘙痒的症状，而且瘘管内的脓液积聚也会出现肿胀疼痛，甚至会引起发烧，而且瘘管外口排出的脓液一般是血性有粘稠性的，比较深的高位肛瘘，还会有粪便和气体排出。
