会流脓。脓液多少与瘘管大小、长短及数目有关。新形成或炎症急性发作期的瘘管脓多、味臭、色黄而浓厚，分泌物刺激皮肤而瘙痒不适，经久不愈的瘘管脓液较少或时有时无。当外口阻塞或假性愈合，脓液急剧增多，局部脓肿，体温增高。常因肛瘘炎症急性发作或有支管形成。结核性肛瘘脓液多而清稀，呈米泔水样，可有干酪样坏死物。
肛瘘常有肛周脓肿自行溃破或切开排脓的病史，此后伤口经久不愈，成为肛瘘外口，主要症状是反复自外口流出少量脓液，污染内裤，有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感，若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通，如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适。
肛瘘手术大多采用的都是拔线手术，手术后要定期的绷紧线。然后尽现真的特别的疼，如果疼痛难忍可以吃止疼药。手术以后要勤换药，注意观察伤口，要保持大便通畅，定时排便，保持肛周清洁卫生，勤换内裤，增加体育锻炼，避免久坐久站，可以做一些提肛运动。
二级疼痛。肛瘘大多采用拔线手术，术后要定期绷紧线，这主要是为了保持橡皮筋的作用，可以起到慢性切割、绷紧线时有疼痛症状，一般一个月后肛瘘手术后要用橡皮筋绷紧线将基本拉紧。
使用广谱的抗生素进行抗炎治疗。局部进行温水坐浴，也可以用药物坐浴，然后配合局部的理疗。肛瘘伴急性感染出现的疼痛，没有特殊有效的办法，可以适当吃止痛的药物。
