在急性炎症期和复杂性肛瘘反复发作时，可出现不同程度的发热、或伴有消瘦、贫血、体虚等长期慢性消耗症状。大部分肛瘘由直肠肛管周围脓肿引起，因此内口多在齿状线上肛窦处，脓肿自行破溃或切开引流处形成外口，位于肛周皮肤上。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘是多种原因引起肛腺感染，主要表现肛门红肿疼痛破溃后可见脓性、血性、粘液性分泌物。肛周或臀部可见瘘口，或溃或闭，有的可见局部变硬，不平滑，色紫脱皮等。肛瘘复发要到医院就诊治疗。
肛瘘复发的症状有，由于黏膜处病菌侵袭导致了感染化脓从而引发了红肿出现，然后再者就是出现了明显的流脓症状，紧接着身上出现臭味、色黄而浓厚的分泌物。或者如果刀口有一处总是不愈合，就是应该是复发了。
轻微肛瘘症状，流脓，肛瘘流脓的程度与瘘管的长短、多少是有一定关系的，新生的瘘管流脓较多，分泌物不断的刺激皮肤，出现瘙痒的症状，而且瘘管内的脓液积聚也会出现肿胀疼痛，甚至会引起发烧，而且瘘管外口排出的脓液一般是血性有粘稠性的，比较深的高位肛瘘，还会有粪便和气体排出。