肛瘘的保守治疗可使用肛周用药，包括坐浴、栓剂、膏剂暂缓症状，消除肛周的炎症，但治好还需手术治疗。低位单纯性肛瘘可在术中找到肛隐窝，剔除瘘管即可；而高位复杂性肛瘘需挂线治疗，以保护肛门括约肌功能，预防术后造成大便失禁。
肛瘘要及时就医，还要注意肛门护理，坐姿时要让肛门悬空透气，便后要用水清洗干净，熏蒸坐浴要保证足够时间，大便后不但要用肛部清洁器冲洗，还需要用肛部消毒巾擦拭消毒，因为便血的伤口会受到大便中细菌的污染，如果不及时消毒，细菌滋生会造成病情恶化。
安氏疗法。采用探针检查和双氧水灌注的方式，准确检查内口，这种科学的检查方式准确率高达99%，为下一步治疗提供依据。接着，对病灶部位进行治疗。对肛瘘的治疗采用微创的小切口，对主要的病灶部位切开，对口引流，对内口和外口分解处理，部分切开部分保留，化复杂为单纯。
肛瘘就是指肛门和周围的皮肤想通形成的一个管状的异常的通道，肛瘘主要侵袭肛管结构但是很少侵袭直肠。肛瘘程度的不同以及发病的时间的不同会有不同的治疗方法，主要的有挂线疗法、瘘管切开治疗以及手术治疗等方法。
根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。手术治疗，原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。