高位肛瘘有如下的治疗方法，手术以及饮食治疗。如果采取手术的治疗方法，在必要的时候还可以查看MRI，以便可以及时作出较为精确的确诊，从而可以防止手术的盲目性。病患如果采取饮食的治疗方法，多吃干果，少吃含有高蛋白、高胆固醇的食物。
约90%的肛瘘病人属于腺源性肛瘘，这种肛瘘是由于肛隐窝感染引起。除了腺源性肛瘘外，还可能有一些特异性原因的肛瘘。比如结核病会引起肛周的结核性感染，导致结核性肛瘘的发生；炎症性肠病也可发生肛周的并发症，表现为肛瘘，肛裂等。一些外在性的因素，比如痔疮肛裂手术处理不当，引发肛周感染，导致肛瘘；跌伤，刀伤，枪伤，如果恰好在肛门直肠部位可能因继发感染引起肛瘘。
到大医院检查并治疗，肛瘘是不会影响生育的，但是一定得积极治疗。建议可以去肛肠的医院进行手术治疗。平时注意做好预防，以免复发。饮食清淡，多喝水，多吃蔬菜，禁辛辣食物，适当运动。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。
肛瘘的症状是反复脓性分泌物的排出，瘘管通畅无炎症常不感到疼痛，只感觉局部发胀不适，行走时加重，如外口封闭，瘘管积脓，则有疼痛，排便时加重。肛门周围皮肤受分泌物刺激常感觉瘙痒。
用于克隆氏病引起的肛瘘。该术式有可能会对病人造成严重后果，临床上不作为首选治疗方法；全括约肌保留手术：具体术式包括瘘管切除推移瓣手术、瘘管结扎手术以及三间隙引流手术。全括约肌保留手术可以降低术后肛门功能损伤程度，现在临床作为高位复杂性肛瘘的首选治疗方法。
