早期症状主要表现为肛周肿物隆起、色淡红、皮温高、伴疼痛、发热，这是感染化脓性疾病，有的脓肿可出现破溃、流脓。之后疼痛症状会减轻，破溃口会间断的分泌分泌物，肛周脓肿也会再起，反复发作。
肛周脓肿是肛门直肠周围常见的感染性、化脓性疾病，通常是由于肛窦炎未能得到及时的控制，而感染波及到肛门直肠周围的间隙，进而形成脓肿。肛周脓肿主要表现为局部红肿，疼痛，体温升高。病情严重者甚至可以出现畏冷，发热等中毒症状。位置比较深在的肛周脓肿局部症状并不一定非常明显，但是全身的中毒症状相对比较严重，甚至有的病人可以出现中毒性休克。反之，位置浅在的肛周脓肿，局部症状比较明显，而全身中毒症状并不严重。
一般情况下，肛周脓肿患者初期，可出现肛门不舒服、胀痛或疼痛等症状，特别是排便后，患者还可出现烦躁、还不规则低热等症状，这是因为肛周脓肿多由肛腺反复感染引起，常见于免疫力低下或患有糖尿病的人。正常情况下，肛周脓肿都比较容易治愈，但如果治疗不彻底的话就可能出现复发问题。因此，建议肛周脓肿的患者应及时就诊，在医生指导下进行治疗。以免影响身体健康。
骨盆直肠窝脓肿全身症状重，先寒战高热，周身倦怠，严重可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，不能端坐。直肠粘膜下脓肿有周身不适，倦怠，发热。
骨盆直肠窝脓肿全身症状重，先寒战高热，周身倦怠，严重可有败血症的中毒症状。局部症状轻，仅有直肠下坠感，酸痛或不适的表现，亦可发生排尿困难。直肠后脓肿全身症状与骨盆直肠窝脓肿相似，但局部症状主要在尾骶腰部酸胀坠痛，向背部及两侧大腿放射，尾骨有压痛，不能端坐。直肠粘膜下脓肿有周身不适，倦怠，发热。