肛瘘手术后复发率的报道，多少不一，有的文献报道肛瘘的复发率为10％，而有的报道仅为1％。调查肛瘘手术后复发的原因，95%以上是因为没有准确的找到内口，或没有把感染的原发病灶，感染的肛窦、肛门腺导管和肛门腺以及瘘管的支管、空腔完全彻底清除干净，因为祸根没有除掉，所以才会复发。
肛瘘是由肛周脓肿发展而来，可以认为肛瘘和肛周脓肿是同一个疾病的不同阶段。肛周脓肿自行破溃后流出脓液或者经医师做切开引流，引出脓液以后便形成肛瘘，溃口可能会长时间不治疗，反复流脓血，也可能暂时缓解以后还会再次出现肿痛、溃破，也就形成肛瘘典型的临床特点：肿痛与溃破交替出现。
肛瘘就是由于出肛窦受到感染引起肛门脓肿导致的，为化脓性感染的一种病，在饮食方面要清淡，主要吃流食和易消化食物、可以多吃青菜和水果，要注意休息好，生活习惯上要注意早睡早起。
肛瘘手术挂线，主要是针对高位复杂性肛瘘，如果一次性切断肛管直肠环，容易导致术后出现肛门失禁、挂线疗法，主要是选择橡皮筋慢性切割，可以对肛管直肠环进行慢性切割，而且切割的过程中也会出现炎性的粘连，可以避免肛管直肠环出现一次性切断，有利于避免出现肛门失禁的现象。
马蹄形肛瘘又称为蹄铁形肛瘘，因其瘘管围绕肛管和直肠下端，由一侧坐骨直肠窝通至对侧，形如马蹄铁得名。马蹄形肛瘘是肛周脓肿经过肛管前后间隙或直肠前后间隙(以后间隙居多)扩散至双侧坐骨直肠窝或骨盆直肠间隙形成的环形或半环形的复杂肛瘘。肛瘘保守治疗无法痊愈，只能手术，高位马蹄形肛瘘较为难治。
肛瘘挂线疗法指的是利用橡皮筋等的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的办法。其最大的优点在于不会造成肛门失禁，且可以有效的引流瘘管。此手术方式操作简单，出血少，术后换药等。