95%以上是因为没有准确的找到内口或没有把感染的原发病灶感染的肛窦、肛门腺导管和肛门腺以及瘘管的支管、空腔完全彻底清除干净因为祸根没有除掉所以才会复发所谓“隐患除之务净不尽则终将为害也。
肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发感染多在肛窦。肛窦则是继发感染的门户，反复感染，形成瘘道。直肠内有一定的压力，将直肠感染物质如粪便、气体，可经常不断地从内口进入瘘道，刺激腔壁，继发感染后由外口排出，也是造成瘘道的原因。
肛瘘这种疾病多继发于肛周脓肿，属于肛周的一种慢性感染性疾病。也有一部分，尤其是中青年人，有克隆氏病或者溃疡性结肠炎，也会表现为肛周多发的瘘口。病人会表现为肛周潮湿，有明显的分泌物，伴有异味，可以发现内衣潮湿。查体局部有瘘口，挤压有脓性分泌物，通常可以进行造影、核磁共振检查明确诊断。
主要因污染粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛门周围脓肿，是肛瘘形成的主要原因。直肠肛门损伤：外伤、来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛门周围脓肿。肛裂：肛裂反复感染，可引起皮下瘘，也可引起肛腺炎。
肛瘘术后复发是因为肛门腺处理不当导致的，肛门腺感染是肛瘘的重要病因，要切除干净内口，以及内口附近有炎症的肛门腺及肛门腺导管，或者是在手术中没有刮干净坏死组织或清除支管，即可导致复发。