如果出现肛瘘症状，说明痔疮或肛裂没有及时治疗。肛瘘只能通过手术治疗，没有其他方法，而且这段时间需要定期排便。平时多吃新鲜蔬菜，水果出现无食，养成良好习惯，避免便秘。
肛瘘一旦确诊要手术，吃药和打针都没有治疗意义。手术之后伤口完全长好，需要一个半月左右的时间。术后需要每天换药，换到伤口完全长好，要多休息避免运动，饮食清淡。
得了肛瘘首先需要注意肛门部的清洁卫生，不可抓搔。应经常用温水泡洗肛门，每晚要洗一次，可以用温盐水外洗。还有内裤要勤换、勤洗、暴晒，也可用肛门袋保护肛门，以免过多污染内裤，肛门袋亦要经常换洗，不要让脓液、分泌物积留在伤口部位。
肛瘘术后拉屎流血，会发现大便量很少，里面可能还夹有很多暗黑色像血块一样的东西，可能是手术过程中流到肠腔里积存下来的陈旧性血块，都是正常现象。如果还伴有少量新鲜血液，也是正常的，因为肛瘘手术切口都是不缝合的，创面呈开放性，在用力解大便的时候创面用力拉扯，再加上大便对于创面的摩擦，有少许创面渗血，都是正常现象。
前期可以用药物治疗，但是只能缓解病情的疼痛，治标不治本。长久靠药物维持会使得体内的药物毒素堆积越来越多，导致肛瘘的反复发作，病情越来越严重。还有可能导致其他肛肠疾病的发生，病人要保持大便通畅，防止腹泻和便秘，以减少粪便对肛瘘内口的刺激每天用温盐水坐浴1到2次，勤换内裤，适当使用药膏等局部涂抹，或中药内服外用。