对于肛周脓肿初期，可以选择手术治疗，将脓肿切开进行详细探查，脓腔的分泌物，留取进行细菌学的化验。另外，要清拭脓腔壁，避免残留。术中可能会有一些出血的发生，手术以后，脓腔首先应该进行填塞。
婴儿肛瘘宜先行保守疗法，若无发热等全身症状，不需要用药，可用温水或中药坐浴，然后用棉花或柔软的纱布轻轻擦干，另外，要保持大便通畅和局部干燥清洁，尿布应柔软、透气性好，勤洗勤换。
不可以保守治疗。由于保守治疗容易导致继发性肛瘘的形成，肛周脓肿是一种主要由继发性肛窦炎引起的疾病，长期不能反复治愈。反复便秘和腹泻刺激直肠和肛管，当人体免疫力低下或疲劳时，可诱发局部感染并形成脓肿。
高位肛周脓肿是指位于肛门外括约肌以上的肛周脓肿。高位肛周脓肿一般全身症状会比较重。在临床上常见的症状可能出现发热、头痛等症状。这主要是细菌感染后出现的全身毒素反应。对于高位肛周脓肿的手术治疗。直接进行切开，敞开脓腔时需要谨慎，可能会引起肛门失禁大多数高位肛周脓肿都是采用切开脓腔加挂线的治疗方法进行治疗的。
肛门疼痛是肛周脓肿的早期症状。这种疼痛会非常剧烈，且会逐渐加重。并会出现全身不适、精神疲惫乏力、体温升高、食欲减退、寒战高热等。只有在脓肿自行溃破后，疼痛才会暂时有所缓解。
婴儿肛周脓肿早期发现可以采取保守治疗，例如用温热水进行肛门坐浴，或用少量的生理盐水保留灌肠。经常及时给孩子换尿布，保持肛周皮肤清洁干燥。若保守治疗无好转，应及时手术，将肛周脓肿切开引流。目前临床上多选用的是肛周脓肿挂线引流法。术后配合温水或药物坐浴，促进切口愈合，达到治疗目的。
