婴儿肛瘘宜先行保守疗法，若无发热等全身症状，不需要用药，可用温水或中药坐浴，然后用棉花或柔软的纱布轻轻擦干，另外，要保持大便通畅和局部干燥清洁，尿布应柔软、透气性好，勤洗勤换。
婴儿肛周脓肿早期发现可以采取保守治疗，例如用温热水进行肛门坐浴，或用少量的生理盐水保留灌肠。经常及时给孩子换尿布，保持肛周皮肤清洁干燥。若保守治疗无好转，应及时手术，将肛周脓肿切开引流。目前临床上多选用的是肛周脓肿挂线引流法。术后配合温水或药物坐浴，促进切口愈合，达到治疗目的。
婴儿肛周脓肿早期的最为明显的症状，就是婴儿肛门周围软组织表现为皮下脓肿，并逐渐向外扩散形成，婴儿会感觉到持续性的疼痛，运动时疼痛现象会加剧，婴儿会表现比较焦躁，婴儿患上婴儿肛周脓肿，常常可以在婴儿的肛门附近，观察到有明显的皮肤红肿现象，并且触摸后，会感到明显的硬结感和波动感。
不可以保守治疗。由于保守治疗容易导致继发性肛瘘的形成，肛周脓肿是一种主要由继发性肛窦炎引起的疾病，长期不能反复治愈。反复便秘和腹泻刺激直肠和肛管，当人体免疫力低下或疲劳时，可诱发局部感染并形成脓肿。
婴儿肛周脓肿的治疗方式如下：
小儿肛周脓肿的治疗要看病情的严重程度，进行针对性治疗。首先，可以用抗生素来控制感染，在家里用温水坐浴。如果形成脓肿，需要切开引流。开始会出现皮肤红肿硬结，然后会变软，会有波动感，还有一些孩子会出现高烧、呕吐等症状。肛周感染是由肛周软组织引起的急性化脓性感染导致的，这是一种很特殊的疾病，一般是由肛门部位的皮炎、疖肿、粗糙的尿布划破肛周组织，或者是感染引起的周围脓肿。
婴儿肛周脓肿一般不能自愈。
肛周脓肿的病因很清楚，是由直肠粘膜的炎症所致，是肛肠科唯一的炎症。肛周脓肿是一种外科疾病，可以通过药物来暂时缓解，减轻痛苦，减轻发烧，但并不能自愈，此时细菌和病毒都没有被彻底清除，只是暂时的，以后可能会再次发作。婴儿出现肛周脓肿建议家长及时带患儿就医，在医生的指导下选择保守治疗，或者采取手术切开排脓。