如果是复杂性肛瘘，治疗方法最根本的治疗方法是手术治疗。但是复杂性肛瘘治疗后会出现复发的几率，在进行完复杂性肛瘘的手术治疗以后，一定要定期的到医院进行复查。平时别吃辣椒，多吃蔬菜水果，注意肛周卫生，保持大便通畅，适当运动锻炼身体增强体质免疫力。
肛瘘一般指瘘管分支数量多或外部开口复杂，在一个内部开口中有多个分支，甚至延伸到盆腔内形成复杂肛瘘的肛瘘。一旦发现，都需要尽快手术切除，因为随着时间的推移，它会导致越来越多的瘘管甚至严重的局部感染。
复杂性肛瘘不进行治疗肯定是不行的。首先是导致肛瘘的病因不明，其次是肛瘘情况复杂，找不到原发病灶而处理困难。手术有可能出现一次手术不能恢复现象，大多一次是能治好的，这就是手术的风险。
高位复杂性肛瘘危害很大，主要症状为流脓、疼痛、肛门周围瘙痒，给患者带来身体不适及生活中的不便。流脓使内裤不洁，肛门疼痛、刺痒造成患者工作、生活不便；高位复杂性肛瘘反复发作可引起直肠阴道瘘、直肠膀胱瘘、直肠尿道瘘等并发症。
复杂性肛瘘复发的原因考虑是支管清创不彻底等导致的，肛瘘一般是由三部分组成的，也就是内口、窦道、外口，组成简单的肛瘘，如果外口封闭，形成脓肿，积聚到一定程度就会从肛门其它地方破溃而出，这时候就相当于有一个内口，两个或两个以上的外口，这时候就称为复杂性的肛瘘。
