肛瘘的临床表现是外口反复流出少量的脓性分泌物或者粪水，分泌物时多时少，由于分泌的刺激可引起肛周皮肤瘙痒，有时还有气体从外口溢出。如果外口关闭，由于引流不畅可再次出现肛周脓肿的表现，如局部的红肿热痛，严重者可出现发热，乏力等全身中毒症状。
肛瘘不可以保守治疗，肛瘘需要手术治疗，可以去正规医院做手术。平时要注意个人卫生，每天要用温水清洗肛门。注意饮食，多喝水，多吃蔬菜水果，少吃油腻辛辣的食物，不要抽烟喝酒，不要熬夜，作息规律保证充足的睡眠。
肛瘘的保守治疗很难完全的不再发生，可以服用消炎止血药物，每晚热敷洗，感染时口服抗生素，注意不要吃辛辣刺激易上火食物，禁止饮酒，多吃蔬菜水果等，保持局部清洁干燥，肛窦感染形成脓肿破溃后只有选择手术治疗。
可以保守治疗，但是肛瘘治疗的原则是采取手术的治疗方法。对于单纯性的肛瘘，肛瘘处于静止期，肛旁肿痛、流脓的症状不频繁，偶尔有肛旁轻微的肿痛不适，可以服用清热解毒治疗，观察疾病的情况。
肛瘘是不能针灸治疗的。肛瘘是由于肛周脓肿造成的窦道，由于与外界相通，大便时会有粪便进入窦道，长期感染，经久不愈，是一种器质性病变。可以在痿官内塞药纸进行治疗。
