肛瘘的治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。肛瘘不能自愈，不治疗会反复发作，需要手术治疗。肛瘘的手术方式很多，手术是减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。
肛周脓肿是由于肛管直肠周围软组织或周围间隙内发生急性化脓性感染所致。建议出现肛管直肠周围脓肿应及时治疗，少数肛周表浅的脓肿可采用抗生素治疗、热水坐浴、局部理疗等方法消散，但多数需要手术切开脓肿，充分引流脓液，防止其不断扩散，以减轻疼痛等症状。
肛周囊肿是因为肠道细菌进入肛窦，引起肛腺感染，蔓延至肛周间隙。多食果蔬，多吃富含膳食纤维的食物饮食上应以清淡并含较多纤维素的食物为宜，食用有清热解毒的食品，能缓解肛门局部肿痛、渗出等症状。
肛周脓肿是手术治疗。肛周脓肿是因为肛腺感染引起的急性化脓性疾病，如果不治疗会越来越严重，破坏后会形成肛瘘。总之，需要手术治疗。及时去手术处理的，不然以后变成复杂性就比较麻烦了。平时主要不要熬夜上火，保持大便通畅，不要辛辣煎炸油腻饮食。
并在一段时间后当脓液破裂形成肛瘘，然后做肛瘘手术。如果它是一个相对简单的肛周脓肿，但对于更严重的脓肿腔破裂后形成的复杂肛瘘，很难准确地发现脓的来源，这不仅治疗并不完整，但带来巨大的痛苦。一般需要1-3个月的恢复时间，复发率较高。