肛瘘的治疗有手术治疗，治疗原则为保护肛门功能，处理内口。肛瘘位于内外括约肌附近，所以治疗中应强调弄清内口的部位与外括约肌深部的关系，以避免损伤括约肌而致肛门失禁。药物治疗用来调理。
肛瘘分多种类型，括约肌间性，经括约肌型，括约肌上型和括约肌外型。肛瘘是肛门周围的肉芽肿性管道，由内口、瘘管、外口三部分组成。需要手术处理，需要经外面的外口沿着瘘道把感染的内口切除，术后配合换药。
其传统手术常见的有瘘管切开术、挂线疗法，这些方法虽然可以有效治疗肛瘘，但是手术过程非常疼痛，尤其是术后恢复时间超长，一般需要一个月左右的时间住院观察调养，现在的医疗水平，已经可以做到微创治疗肛瘘了，微创手术治疗肛瘘具有痛苦小、出血少、快速、彻底的特点。
药物治疗和手术治疗相结合。肛瘘的治疗目标是尽可能减少括约肌损伤，消除肛瘘内口和任何相通的上皮化瘘管。药物治疗：外治：用消肿止痛洗剂坐浴。使用抗生素：急性发作期可以使用抗生素，但一般不要超过一周。手术治疗：手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。
肛瘘是生理解剖由于肛门血管没有瓣膜，血管容易曲张，回流不畅，特别是脂肪组织较多的地方，血液供应更差，伤口不易愈合，容易形成肛瘘。是引流不畅，使排脓不畅，溃口久不愈合，脓腔内纤维组织增生，逐渐形成的。