其传统手术常见的有瘘管切开术、挂线疗法，这些方法虽然可以有效治疗肛瘘，但是手术过程非常疼痛，尤其是术后恢复时间超长，一般需要一个月左右的时间住院观察调养，现在的医疗水平，已经可以做到微创治疗肛瘘了，微创手术治疗肛瘘具有痛苦小、出血少、快速、彻底的特点。
肛瘘可以采用手术的方法。肛瘘的手术方法有很多，一般医生会根据肛瘘的复杂程度不同选择恰当的手术方法。比如有肛瘘切开术，瘘管剔除术和肛瘘切开挂线术等。但是不管采取哪种手术，都会的去除肛瘘的内口，才能使肛瘘尽快的好。
肛瘘的治疗有手术治疗，治疗原则为保护肛门功能，处理内口。肛瘘位于内外括约肌附近，所以治疗中应强调弄清内口的部位与外括约肌深部的关系，以避免损伤括约肌而致肛门失禁。药物治疗用来调理。
肛瘘分多种类型，括约肌间性，经括约肌型，括约肌上型和括约肌外型。肛瘘是肛门周围的肉芽肿性管道，由内口、瘘管、外口三部分组成。需要手术处理，需要经外面的外口沿着瘘道把感染的内口切除，术后配合换药。
肛瘘是生理解剖由于肛门血管没有瓣膜，血管容易曲张，回流不畅，特别是脂肪组织较多的地方，血液供应更差，伤口不易愈合，容易形成肛瘘。是引流不畅，使排脓不畅，溃口久不愈合，脓腔内纤维组织增生，逐渐形成的。