肛瘘有间歇期和发作期。间歇期会完全没有症状，可以不用药。发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状，如果不能马上手术，也可以药物治疗暂时缓解症状。外治用消肿止痛洗剂坐浴。急性发作期可以使用抗生素，但不要超过一周。如果特别严重需要手术治疗。
出现肛瘘会给生活带来很大的困扰。肛瘘是指肛管直肠与肛门周围皮肤相通的感染性管道，又称为“肛管直肠瘘”。肛瘘的治疗原则：找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净肛瘘手术时，应明确诊断，查明内口及瘘管走向，保留肛管直肠环，以维持正常的肛门括约功能，肛瘘是复杂的肛肠疾病。
轻微肛瘘症也需要积极进行手术治疗，因为如果肛瘘病程过长，轻微肛瘘是有可能发展为高位复杂肛瘘的。到时候手术治疗时间长，术后恢复过程慢，手术并发症多，术后肛门功能影响大，会带来更多的痛苦和经济上的负担。
肛瘘需要到医院肛肠科进行系统的检查，必要时进行手术治疗。出现流脓的症状要及时治疗，避免症状加重甚至出现大便失禁的风险。注意饮食和生活习惯，忌辛辣，多吃水果蔬菜，保持大便通畅，不熬夜。
得了肛瘘以后，首选的就是手术，唯一的方法也是手术，其他的方法都只是缓解症状，而治疗肛瘘的手术又分很多种，好比肛瘘切开术、肛瘘的剔除术、瘘管剔除术，还有什么补片的填充，免疫制剂的填充等，各种方法很多。