可以根据直肠盲端距肛门皮肤的距离，采取不同的手术方式，如果直肠盲端距肛门皮肤1.5cm以下，可以进行一次性肛门成形术。或尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术等。根据类型选择不同的手术方法。
一般是可以治疗好的。通常都是采用手术治疗。方法有腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形，或会阴肛门成形：在会阴中央或可激发环形收缩区的中间,做X形切口，长约1.5cm，切开皮肤，翻开4个皮瓣，其下方可见环形外括约肌纤维。
肛门闭锁的手术根据类型不同，可采取肠造瘘，会阴肛门成形，低位畸形手术骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形，或低位畸形手术：在会阴中央或可激发环形收缩区的中间，做X形切口，长约1.5cm。切开皮肤，翻开4个皮瓣，然后进行扩张，就可治愈。
治肛门闭锁的费用通常是1万-3万元。出现先天性肛门闭锁应外科手术治疗，其目的是重建具有正常控制功能的排便肛门，对于患者治疗的费用，病情的严重程度不一样，治疗费用也会有所差别的。
肛门闭锁是因原肛发育异常、未向内凹入形成肛管，因而直肠与外界不通，又称低位肛门直肠闭锁。高位锁肛：一是切开骶尾部和腹部，把直肠盲端拖至会阴做成肛门，二是先在腹部作一个人工肛门等小儿长到1-2岁，再作切开腹部或骶尾部的直肠肛门吻合术。
先天性肛门闭锁是先天性肛门直肠畸形疾病之一，常见症状有出生后无胎便，必须手术治疗。一般采用会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，或是腹会阴肛门成形术：在会阴部、腹部做切口，将直肠游离，从盆腔至会阴做条隧道，将直肠穿出，与会阴皮肤吻合。缺点为术后可发生大便失禁；
