肛周囊肿可以手术治疗，抽脓减压局部消毒，用20ml注射器从脓肿最薄弱处刺入脓腔，抽取脓液，边抽边上下移动针头，直至无脓可抽。本方法可以暂时减轻脓腔张力，缓解疼痛，适用于临时应急处理。
中医治疗分为内治法和外治法。内治法需内服清热解毒，或者是益气、透脓、活血祛瘀等药物。外治法有外敷法和熏洗法。外敷法可以外敷清热解毒，活血祛瘀的药物。熏洗法可用中药坐浴。
肛周脓肿在中医上叫做肛痈。首先可以采用内治法，根据它发病条件不同，分为三个证型，如果是火毒蕴结型，可以清热解毒，使用仙方活命饮和黄连解毒汤加减。如果是热毒炽盛型，治疗上应该清热解毒透脓，可以使用透脓散加减。如果是阴虚毒恋型，治疗上应该养阴清热解毒，使用青蒿鳖甲汤合加减。
中医治疗不好，还是需要西医治疗。发生肛中脓肿，需要做切开引流的，因为脓肿属于局部的感染，单纯的中医保守治疗没有什么效果，只会耽误疾病的发展。越早期手术治疗越好。
旦发生肛中脓肿，也需要做切开引流的，因为脓肿属于局部的感染，单纯的中医保守治疗没有什么效果，只会耽误疾病的发展。发生于肛周的表皮样囊肿存在破裂、继发感染的可能，无论有无临床症状，均手术治疗，且强调肿块切除的完整性以降低复发率。