肛瘘需要自己到医院进行检查，一旦确诊需尽早手术治疗，手术治疗可减少局部反复化脓，防止形成复杂性肛瘘，减轻痛苦，使肛门功能不受影响，还可防止肛瘘癌变。其他的治疗只能起到缓解的作用。
对于低位肛瘘，选择直接把内口切除。对于高位复杂性肛瘘，直接切除会切断很多括约肌，如果这部分括约肌突然被切断，有可能导致肛门撕裂，采用橡皮筋挂线疗法，利用橡皮筋的弹性，逐渐切割开这部分括约肌，时间稍微要长一点，不会突然导致大部分括约肌的切断而导致肛门失禁，这是一种很安全的做法。后期随着橡皮筋把这部分括约肌切割开，创面慢慢长好，内口就不存在了，就能治好这种疾病。
对于低位肛瘘，选择直接把内口切除。对于高位复杂性肛瘘，直接切除会切断很多括约肌，如果这部分括约肌突然被切断，有可能导致肛门撕裂，采用橡皮筋挂线疗法，利用橡皮筋的弹性，逐渐切割开这部分括约肌，时间稍微要长一点，不会突然导致大部分括约肌的切断而导致肛门失禁，这是一种很安全的做法。后期随着橡皮筋把这部分括约肌切割开，创面慢慢长好，内口就不存在了，就能治好这种疾病。
肛瘘的治疗关键是做手术治疗的。才能缓解症状的。手术时如找不到内口，或内口处理失当，瘘管则不能完全治疗的。即便有时伤口暂时愈合，因入口仍然存在，感染时仍易复发，形成肛瘘。因此，在手术之前，一定要仔细检查肛瘘的内口，完全切除或切开它，才能彻底治疗肛瘘。
得了肛瘘对生活质量的影响很大。肛瘘的治疗，有传统治疗和仪器治疗两种。可以采用仪器手术。因为现代人的工作，生活比较繁忙，治疗就要求高效。仪器治疗具有恢复快，无痛，微创的特点，病人术后当天就可以回家，不影响正常的工作及休息。
