高位复杂性肛瘘被称为肛肠科难治性疾病，易复发，其内口、外口窦道较多，不易全部检测到，检查目的主要为寻找内口、外口窦道。检查方法较多，如CT、核磁共振、窦道造影等，探针亦为常用方法，手术在麻醉状态下进行，可用探针直接探查，通过一个外口寻找窦道位置。探查时需要小心细致，才可正确找到内口，准确处理、避免复发。
肛瘘检查目前主要检查靠医生的望诊（看），直肠内手指触诊，肛镜下观察直肠内部情况来确诊，但是可以通过以下几种检查方式来确诊：瘘管的造影、磁共振、B超等，有时需要多种方法来合参。
检查时在肛周皮肤上可见到单个或多个外口，呈红色乳头状隆起，挤压时有脓液或脓血性分泌物排出。外口的数目及与肛门的位置关系对诊断肛瘘很有帮助：外口数目越多，距离肛缘越远，肛瘘越复杂。其他检查应在专业医生操作下进行，包括肛诊、内镜检查、B超检查、磁共振检查等。
肛瘘的诊断较为简单，首先可通过患者的临床表现做出诊断，随后可进行肛周的专科检查，查看肛周是否有破溃的外口，肛门指诊时是否可触及皮下条索状管道从外口通向肛门内，如是则可诊断为肛瘘；除此之外，还可进行核磁、三维超声、腔内超声等检查辅助于诊断；目前的肛瘘手术多是微创手术，但在术后仍会有肛门部的轻微胀痛，在排除复发和感染的因素外，对于术后肛门轻微胀痛可不做特殊处理，正常换药或坐浴、及时复查即可。
肛瘘的诊断较为简单，首先可通过患者的临床表现做出诊断，随后可进行肛周的专科检查，查看肛周是否有破溃的外口，肛门指诊时是否可触及皮下条索状管道从外口通向肛门内，如是则可诊断为肛瘘；除此之外，还可进行核磁、三维超声、腔内超声等检查辅助于诊断；目前的肛瘘手术多是微创手术，但在术后仍会有肛门部的轻微胀痛，在排除复发和感染的因素外，对于术后肛门轻微胀痛可不做特殊处理，正常换药或坐浴、及时复查即可。