治疗肛裂的原则是软化大便，保持大便畅通，制止疼痛，减少便血的情况发生，可以口服药物，使大便松软、润滑，增加多纤维食物摄入和改变大便习惯，逐步纠正便秘的发生。排便前后用1∶5000消毒杀菌溶液坐浴，保持局部清洁。
儿童肛裂可能是因为大便干结，排便困难导致的，可以通过改善饮食来调理。
建议在日常多吃一些蔬菜和水果，经常饮用菊花水，菊花疏风化火，防止大便干结。还可以饮用槐花水，槐花可以清热通便、凉血止血，也有一定的预防大便干结的效果。
如果儿童肛裂较为严重，还可以就医诊治，在医生指导下外用药物治疗，或服用帮助排泄的药物治疗。
肛裂分为急性肛裂和慢性肛裂，可以进行保守治疗，比如用中药缓解肛门痉挛，以及外用药膏促进创面愈合等；如果是慢性肛裂，反复发作，出现缺血性溃疡及感染性溃疡，应采取手术治疗措施。
儿童肛裂，如果症状较轻者可给予保守治疗，进行碘伏消毒后给予消炎药物涂抹，平时要给予孩子易消化食物，保持大便通畅，积极治疗便秘；如果症状严重者应该考虑进行手术治疗。
大部分肛裂不会纠正原发便秘或腹泻，或临床局部用药试验性治疗。保守治疗效果不佳者可以考虑行肛裂切除和（或）内括约肌侧切。急性或初发肛裂可以通过增加纤维和水摄入及温水坐浴来治疗。