肛瘘需药到医院进行手术治疗，平时一定要注意多喝水，饮食清淡，多食新鲜的蔬果，保持大便通畅，防止便秘。保守疗法有口服中药、外洗、外熏等，可以起到控制感染、促进炎症消退的作用。
肛瘘术后的时间的长短，与瘘管的大小，病情的复杂程度，病人的体质情况及手术方法有密切关系，单纯性低位肛瘘，大约需三周左右的时间才能渐愈。忌食有刺激性的食物，如酒类，辣椒、大蒜等辛热之品。术后不宜禁食，应给软质普食，不要因为恐惧大便时疼痛而禁食或少食。宜食蜂蜜，每日清晨空腹服蜂蜜一杯，其有清热补中，润燥滑肠，为通调大便之佳品。多食蔬菜水果，如苹果、香蕉、梨等。
肛瘘可以治好，对于肛瘘治疗的原则就是采取手术方法进行治疗。单纯性肛瘘未见症状反复发作，肛瘘处于静止期，可以暂时观察。对于肛瘘反复肿痛、流脓、反复发作，因为肿痛、流脓反复发作可以刺激局部组织增生，反复增生容易造成局部组织恶变的可能性，所以及早采取手术的治疗方法，彻底解决。
单纯性肛瘘可选择肛瘘切开术、肛瘘切除术、挂线术。复杂性肛瘘可以采用肛瘘切开挂线术和(或)分期肛瘘切开术、隧道式支管拖线术、瘘管清创+纤维蛋白胶注射术、肛瘘栓填塞术、直肠黏膜瓣前徙术、括约肌间瘘管结扎术(LIFT)以及括约肌间瘘管结扎术+肛瘘栓填塞术。
肛瘘的治疗包括药物治疗和手术治疗。药物治疗只适用于肛瘘围手术期的调理；手术治疗原则为保护肛门功能，处理内口。肛瘘位于内外括约肌附近，所以治疗中应强调弄清内口的部位与外括约肌深部的关系，以避免损伤括约肌而致肛门失禁。
