肛瘘需要到医院肛肠科进行系统的检查，必要时进行手术治疗。出现流脓的症状要及时治疗，避免症状加重甚至出现大便失禁的风险。注意饮食和生活习惯，忌辛辣，多吃水果蔬菜，保持大便通畅，不熬夜。
应选手术治疗，内口的存在，脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源如肛窦炎、或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管；肛门部不能静养，脓腔不易粘合：排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。
需要注意肛门周围清洁卫生，可以考虑局部应用消炎膏治疗。建议可以考虑当地正规综合性医院肛肠外科检查看看，如果肛瘘持续不能恢复，可以择期手术治疗肛瘘。术后避免炎症感染情况。
肛瘘有间歇期和发作期。间歇期会完全没有症状，可以不用药。发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状，如果不能马上手术，也可以药物治疗暂时缓解症状。外治用消肿止痛洗剂坐浴。急性发作期可以使用抗生素，但不要超过一周。如果特别严重需要手术治疗。
出现肛瘘会给生活带来很大的困扰。肛瘘是指肛管直肠与肛门周围皮肤相通的感染性管道，又称为“肛管直肠瘘”。肛瘘的治疗原则：找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净肛瘘手术时，应明确诊断，查明内口及瘘管走向，保留肛管直肠环，以维持正常的肛门括约功能，肛瘘是复杂的肛肠疾病。
