肛周囊肿可以吃止疼药以缓解疼痛，同时应用抗生素消炎治疗，如果肿痛严重，肛周脓肿，脓肿比较大脓液多，仅保守治疗多数情况并不能达到预期的治疗效果，必要时可以通过手术抽吸脓液。
肛门周围很容易受到这些细菌的污染，诱发肛门周围汗腺、皮脂腺感染而生疮疖、脓肿。女性阴道与肛门相邻，阴道分泌物较多，可刺激肛门皮肤，诱发痔病。因此，应经常保持肛门周围的清洁，勤换内裤，可起到预防痔病的作用。
肛周囊肿需要治疗，可以手术治疗，肛周脓肿一般多因为肛门窦发炎所致，如果已经形成脓肿，手术为好，肛周脓肿多合并肛瘘，所以手术时要注意有无肛瘘的内口，必要时进行挂线治疗，饮食禁忌，辛辣油腻等刺激性食物。
肛周囊肿手术做了就可以走路，手术后一般十天左右拆线，就恢复正常了。养成良好的生活习惯，作息规律，睡眠充足，不要熬夜，不要劳累，锻炼身体，提高身体素质，增强免疫力。同时注意饮食清淡，避免吃辛辣生冷油腻的食物，注意保暖，避免冷刺激。
饮食上应以清淡并含有较多纤维素的食品为宜，如菠菜、芹菜、冬瓜、丝瓜、南瓜、木耳、海带、萝卜、茭白等。还可以经常食用有清热解毒的食品，能缓解肛门局部肿痛、流脓流水等症状。