一旦确诊为肛瘘，唯一有效的方法就是手术的，除此之外没有任何保守疗法的，可以选择微创无痛手术的。建议多注意观察目前的情况，可以使用碘伏液进行擦拭消毒。疼痛感会随着时间慢慢减少减小。恢复需要一个多月的时间。
一般该类疾病的确诊还是到正规医院的肛肠科具体看诊检查，不要自己进行确诊，因为部位和自己不是专业人事的原因，是无法具体判断病情的。医院检查方法：肛瘘的检查方法一：探针检查。用探针通过外口插入管道，以明确瘘管的位置及内口所在。方法二：肛窦钩检查。以窥器伸入肛门，可见有红肿炎症的肛窦，内口多在此处。
肛瘘术后应注意休息，忌食辛辣厚味食物，以营养丰富易于消化食物为宜，如牛奶，鸡蛋，青菜，水果等。多吃含优质蛋白质、维生素C、E，蛋白质是人体除骨骼外的构成成分，VC+蛋白质是形成血红蛋白皮肤的主要成分，VE可以帮助伤口更好的愈合不易留下太大的伤痕。
保守治疗：采取口服药物治疗，如急性发作期使用抗生素缓解症状；手术治疗：包括切开引流、肛瘘切开术、肛瘘挂线或瘘管填塞术。肛瘘是指各种原因导致的肛管和外部皮肤之间出现瘘管，会有粪性分泌物从外口出来。
肛瘘可以选择手术进行治疗。有时可以暂时关闭瘘口而不排出脓肿，导致局部肿胀和疼痛，体温升高，随后封闭。闭合性瘘破裂，脓液排出。瘘管也可排出气体或粪便。同时要保持大便顺畅，不吃辛辣刺激性食物。
