肛门周围脓肿，主要因污染粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛门周围脓肿，是肛瘘形成的主要原因。直肠肛门损伤，外伤、来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛门周围脓肿。肛裂，肛裂反复感染，可引起皮下瘘，也可引起肛腺炎。
导致肛瘘的主要原因是解剖学的因素。肛腺在大便的时候起润滑作用，它会分泌一些粘液性的东西，防止大便太干燥。肛腺不发达的人在大便太干燥的时候，容易感染以后形成肛瘘。还有一些体质的因素。包括人过度劳累，这时候就容易抵抗力下降，进而细菌也就容易繁殖起来。喝酒、吃火锅、麻辣食物也会刺激它的产生。
其实引起肛瘘的原因还是比较复杂的，主要的原因可能还是人体的抵抗力下降，人体的抵抗力一旦下降以后，这地方的屏障作用就下降了，细菌就会叫乘虚而入，就经过这些缝隙，跑到肛门周围。
肛瘘严重会导降低抗病能力。久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，出现贫血，发作亦越加频繁，形成互为因果。肛瘘易波及其他器官。由于多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到肛门的正常生理功能。还有肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀肤瘘，危及周围脏器。并且肛瘘有恶变倾向。
整个瘘管壁由增厚的纤维组织组成，内复一层肉芽组织，经久不愈。发病率仅次于痔，多见于男性青壮年，可能与男性的性激素靶器官之一的皮脂，肛瘘是指肛门周围的肉芽肿性管道，由内口，瘘管，外口三部分组成。内口常位于直肠下部或肛管，多为一个。
