恢复过程会痛。手术过程中感觉不到疼痛。术后皮肤肌腱持续收缩，逐渐清除窦道，窦道由内而外愈合。瘘口流出少量脓性、血性、粘液性分泌物为主要症状。由于肛瘘位于括约肌外，不受括约肌的控制。由于分泌物的刺激，肛门潮湿、发痒，有时还有湿疹。当外口愈合并形成脓肿时，可能会疼痛。
二级疼痛。肛瘘大多采用拔线手术，术后要定期绷紧线，这主要是为了保持橡皮筋的作用，可以起到慢性切割、绷紧线时有疼痛症状，一般一个月后肛瘘手术后要用橡皮筋绷紧线将基本拉紧。
肛瘘常有肛周脓肿自行溃破或切开排脓的病史，此后伤口经久不愈，成为肛瘘外口，主要症状是反复自外口流出少量脓液，污染内裤，有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感，若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通，如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适。
肛肠科的疾病手术后，都是非常疼的，尤其是在换药的时候，疼痛比较剧烈的，疼痛也是与个体耐受力有关系的。术后注意避免久坐，定时换药。保持个人清洁卫生，养成定时排便的好习惯。
肛瘘手术大多采用的都是拔线手术，手术后要定期的绷紧线。然后尽现真的特别的疼，如果疼痛难忍可以吃止疼药。手术以后要勤换药，注意观察伤口，要保持大便通畅，定时排便，保持肛周清洁卫生，勤换内裤，增加体育锻炼，避免久坐久站，可以做一些提肛运动。