肛周出现囊肿，如果囊肿不是很大，没有异常的不适症状，可以暂时观察情况。但要注意保持卫生，注意清洁防止复发。如果很严重会出现感染流脓，肛门疼痛，就需要手术治疗，否则会影响病人的正常生活的。
中医治疗分为内治法和外治法。内治法需内服清热解毒，或者是益气、透脓、活血祛瘀等药物。外治法有外敷法和熏洗法。外敷法可以外敷清热解毒，活血祛瘀的药物。熏洗法可用中药坐浴。
如果只是比较表浅的脓肿，可以以消炎治疗为主，同时，可以配合局部外用消炎药促进炎症消退。如果已经形成明显的脓肿且疼痛剧烈，可能就需要前往医院手术治疗，行脓肿切开引流。
轻度肛周脓肿可以说是不严重，一般是可以自愈的，但是，在此期间，要注意饮食，避免进食辛辣刺激性食物，避免长时间坐着蹲，可口服或注射广谱抗生素，防止炎症扩散，缩小其限制和缓解肿胀和疼痛，如果保守治疗不明显并且脓肿逐渐增加，则需要手术治疗。
肛门会瘙痒剧烈。久而久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，也会影响到肛门的生理功能。