由于部分脓肿位置较深，病变多发生在神经支配的区域，疼痛常常不明显，一般表现为坠胀，坠痛或者直肠刺激的症状。恶寒、发热，全身酸痛不适等感染性症状。尤其是提肛上脓肿，病变初起时就有全身症状，肛门局部不明显，所以导致疾病难发现。
肛周脓肿最主要的症状是疼痛，疼痛剧烈，且逐渐加重。脓肿自行溃破后，疼痛暂时有所缓解。低位脓肿出现剧烈肛门疼痛。其他症状：部分出现大小便不畅、纳差、失眠。诊断依据：肛门周围出现小硬块或肿块，继而疼痛加剧、红肿发热、坠胀不适、坐卧。
对于肛周脓肿需要手术治疗才可以恢复。如果局部红肿消失，没有隆起，手术切口或破溃口完全愈合，无窦道形成，无发烧的情况，则提示可能已经有好转了。多吃新鲜蔬菜和水果，不吃辛辣食物，忌烟酒。
肛周脓肿是在肛周化脓，出现炎性包块，局部软组织化脓以后会引起病人非常明显的症状，就是非常的疼痛。肛周脓肿主要的发作部位是在肛门周围的间隙，所以病人能摸到局部非常明显的包块，红肿热痛非常明显，经常伴随发烧的情况，低烧在38度左右，高烧病人可以到40度，而且会出现排便不畅，影响排便甚至影响小便，出现小便不畅，所以肛周脓肿一旦发现，一定要及时就诊，而且要及时手术。
肛周囊肿每一个时期的症状都不同。会出现局部症状不明显，但全身症状很明显，自己感觉到肛门里面痛，大便的时候上不出来，出现全身发烧、坐立不安等。局部肛门完全看不出异常，而深部脓肿在肛周脓肿里相对比较危险。