少数的肛周脓肿可以使用抗生素热水坐浴以及局部理疗等方法来进行该病的治疗，这种方法主要针对于病情较轻的肛周脓肿。还可以进行单纯性肛周脓肿的治疗，可以在截石位或者是侧卧下，采用局部麻醉或者是腰麻在脓肿的部位，需要进行放射状的切口，在放出脓液之后需要伸入食指，从而探查脓腔大小分开的间隔，必要的时候要将切口的边缘皮肤进行少许的切开，从而利于引流，最后在使用药物纱条放入到脓腔做引流处理。
早期可通过手术治疗，大部分肛管直肠周围脓肿可获得痊愈。可采用双向等压引流手术治疗，半切割挂线，放引流管，可不切断肛直环使脓肿愈合。要相信科学，不要乱吃、乱用任何药品，不要使用偏方。
肛门囊肿有可能导致肛瘘，这种也有可能存在两种疾病，肛瘘的治疗就是一挂线疗法，或者是手术切开来进行治疗。而且手术是一种比较小的手术，治疗起来比较简单。肛周脓肿引起的肛瘘，肛周脓肿需要抗生素消炎。肛周脓肿会导致并发肛瘘，肛瘘保守治疗效果较差，建议手术治疗。少食辛辣刺激性食物，预防大便干结。
小孩得了肛周囊肿，要及时的去医院接受正规的手术治疗，不要自己乱买药物给小孩服用，要听从医生的嘱咐去治疗。注意营养合理，食物尽量做到多样化，多吃高蛋白、多维生素、低动物脂肪、易消化的食物及新鲜水果、蔬菜，不吃陈旧变质或刺激性的东西，主食粗细粮搭配，以保证营养平衡。
肛周囊肿的治疗方法可以分为，内用疗法还有外用疗法，所谓的内用疗法是可以选用治疗类似这样的药物都可以，还可以利用一些外用的药膏，同事口服一些消炎的药物结合起来治疗。