肛瘘最常见的病因就是免疫力低下，便秘等。因为肛瘘有一个连通的瘘管，然后粪便就容易堆积在肛瘘的位置，引起反复的感染。肛瘘是如何引起的其根本原因是肛门直肠周围脓肿。
高位肛瘘指瘘管及其支管在肛提肌和肛管直肠环上方的肛瘘。主要的临床表现为肛门间歇性或持续性流脓、肿痛、瘙痒等。病因较多，比如肛周脓肿溃破、直肠肛门损伤、会阴部手术、肠结核、溃疡性大肠炎、克罗恩病、直肠肛管癌、血行感染或其他疾病。
高位肛瘘产生的原因有一点就是由于肛门直肠周围组织间隙的抗病能力下降，这样就非常容易让病毒侵入、扩散、积聚繁殖的地方，致使这里的组织容易感染发炎，正不胜邪，而形成肛门直肠周围脓肿。还有种情况就是脓肿自行破溃所导致的。
一般可能是痔疮引起的，痔疮主要是看轻重的程度，一定要调整饮食生活规律，多食用富含纤维的食物。多吃蔬菜水果谷类。还可以促进肠蠕动利于排便。不要吃辛辣油腻的东西，酒咖啡也尽量少喝。
如果在孩子很小的时候没有养成良好的排便习惯，那么是会引起肛瘘疾病，新生儿大便应该是稀释的才对，不应该存在干燥的现象。如果一出生就开始有干燥大便，那么在便秘过后就要考虑给孩子做检查了，当知道孩子肛瘘之后就要及时地治疗，而孩子肛瘘的形成原因还有可能是由于肛门周围遭受到了严重的感染所导致的。
