疼痛瘘管通畅无炎症时，无疼痛，只有肛门局部略有肿胀感，行走时可加重，若外口封闭，瘘管存积脓液，或粪便进入瘘管，则会疼痛加重或排粪时疼痛加重。排脓排脓是轻度肛瘘症状的主要症状。
流脓是主要症状。脓液多少与瘘管长短，多少有关，新生瘘管流脓较多，分泌物刺激皮肤而瘙痒不适，当外口阻塞或假性愈合，瘘管内脓液积存，局部肿胀疼痛，甚至发热，以后封闭的瘘口破溃，症状方始消肛瘘外口流出少量脓性、血性、粘液性分泌物为主要症状。
肛周或臀部瘘口经久不愈，或时愈时溃，溢出脓液，刺激局部皮肤痒痛不适。肛周或臀部可见瘘口，或溃或闭，有的可见局部变硬，不平滑，色紫脱皮等。浅的瘘管可沿外口触及硬索状管道行向齿线，指压有少量脓液从外口溢出。有的可在齿线肛隐窝处触及凹陷硬结为内口。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘常见的症状主要是肿痛，脓液积聚在管腔，引流不畅时会出现局部红肿，疼痛，脓液流出以后疼痛会逐渐的减轻，还会流脓，往往是周期性的发作，大多是在饮酒后，肛门瘙痒，由于反复的流脓会刺激肛周的皮肤，引起肛门瘙痒或者肛周湿疹。