直肠炎的治疗有灌肠，对于粪便硬块嵌顿导致的直肠炎应采取灌肠，解除粪便压迫。由于引发直肠炎的病因较复杂，治疗原则应根据引发直肠炎的病因及疾病采取相应的治疗措施。可以通过粪便、涂片或活检组织进行细菌、真菌和病毒检测；相关抗体及毒素测定。要注意休息和饮食。
直肠炎大多与不良的生活饮食习惯和便秘有关，饮酒刺激也是造成直肠炎的原因之一。应该到正规的公立性医院检查，查清病因，可以在医师指导下合理用药治疗。要清淡饮食，多吃蔬菜和水果，少吃油腻辛辣刺激性食物，少吸烟，少喝酒。
一般情况下，艾灸肛门对直肠炎的治疗，能达到辅助治疗的效果。
直肠炎多由肠道内菌群失调、有害菌滋生引起，而艾炙通常无杀菌、消炎之功效，故艾灸无法直接用于直肠炎，只能起到辅助治疗的作用。直肠炎以药物治疗为主，在平时要注意生活作息规律，尽量不吃辛辣刺激性食物，不要滥用抗生素，以免对肠道正常菌群造成损害，这样才能控制直肠炎病情。
先做肠镜明确下具体的病因才能清楚，对症下药。平时注意腹部保暖，避免受凉。要饮食有规律，一日三餐做到定时定量，不过分饥饿、不暴饮暴食，这样有利于肠道消化平衡，避免因无节制饮食而致肠道功能紊乱。在治疗时，一定要选择正规专业的医院，采用合适的方法，效果才会更好。
直肠炎治疗方法是局部用药，直肠紧邻肛门，局部用药较便利；普通性直肠炎可口服药物治疗；溃疡性直肠炎治疗较困难，可用药物和灌肠，即使无脓血便及直肠刺激征，也应维持治疗2年以上。
直肠炎栓是可以治疗直肠炎的，栓剂作用比较直接效果也是比较好的，平时也可以去附近医院中医科诊脉，看看舌苔，辩证调理中药汤剂灌肠治疗等，平时需要，消除各种可能致病的因素，如避免进食对胃黏膜有强刺激的饮食及药品，避免辛辣刺激食物，避免油腻的食物，戒烟忌酒。注意饮食卫生，防止暴饮暴食。