并非要全部手术治疗，早治疗以免发生感染并且严重的时候大便会流出。可以中医保守治疗避免手术。排除脓血和腐肉，合好内口和外口可以恢复好，饮食上多注意不吃辛辣刺激性食物，比如牛羊肉和海鲜，酒要先禁止饮用。
得了肛瘘首先需要注意肛门部的清洁卫生，不可抓搔。应经常用温水泡洗肛门，每晚要洗一次，可以用温盐水外洗。还有内裤要勤换、勤洗、暴晒，也可用肛门袋保护肛门，以免过多污染内裤，肛门袋亦要经常换洗，不要让脓液、分泌物积留在伤口部位。
建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃，应多吃清淡含丰富维生素的食物，如绿豆，萝卜，冬瓜等新鲜蔬菜，水果，对经久不愈的肛瘘，饮食上多吃含蛋白质类食品，如瘦肉，牛肉，蘑菇等，及时治疗肛窦炎，肛乳头炎，以免发生肛管直肠周围脓肿及肛瘘，肛门灼热不适，肛门下坠者，要及时查清原因，及时治疗。
肛瘘一旦确诊要手术，吃药和打针都没有治疗意义。手术之后伤口完全长好，需要一个半月左右的时间。术后需要每天换药，换到伤口完全长好，要多休息避免运动，饮食清淡。
如果出现肛瘘症状，说明痔疮或肛裂没有及时治疗。肛瘘只能通过手术治疗，没有其他方法，而且这段时间需要定期排便。平时多吃新鲜蔬菜，水果出现无食，养成良好习惯，避免便秘。