肛瘘应积极治疗，一般常用挂线及切除的方法。挂线多在门诊做，术前要做好配合，不要精神紧张。术前日晚间洗澡更衣，尤其是肛门及周围皮肤要用肥皂多洗几遍，晨起将大便排净，再清洗肛门及周围皮肤。饮食应清淡少渣，不吃辛辣食物，可喝果子水，吃新鲜水果蔬菜。
锻炼身体能增进和改善肛门部血液循环，使得身体抗病能力提高，能预防感染的发生，从而可以预防患上肛瘘，锻炼身体什么运动都是可以的，选择适合自己的运动即可，不管什么运动都应该坚持。
肛瘘术后伤口完全愈合需要一个月左右，不要干重体力活就可以。术后建议每天用花椒和盐（少量）开水冲一下，晾温坐浴十分钟，每天两次，然后摸点痔疮膏，定期换药，这样有利于伤口恢复。禁食辛辣刺激性食物，保持大便通畅。
需要进行修补手术的。不要过度的紧张和焦虑，可以去当地的肛肠外科进行治疗，在进行手术的时候，是需要打麻醉药物的，这样能够减轻手术疼痛。禁止食用生冷及辛辣刺激性食物，多饮水。
肛瘘是由于肛周感染之后所形成的直肠，肛管与外界相通的炎性管道。在肛肠科它的发病率位居第二，占肛肠疾病总发病率的40%左右，多发于中青年男性。肛瘘主要是做挂线疗法治疗效果较好的，严重者尽快做手术，一般不易复发。
先在探针尾端缚一橡皮筋，再将探针头自瘘管外口轻轻向内探入。在肛管齿线附近处找到内口，然后将示指伸入肛管。摸索探针头，将探针头弯曲，从肛门口拉出。.将探针头从瘘管内口完全拉出，使橡皮筋经过瘘管外口进入瘘管。提起橡皮筋，切开瘘管内外口之间的皮肤层，拉紧橡皮筋，紧贴皮下组织用止血钳将其夹住；在止血钳下方用粗丝线收紧橡皮筋并做双重结扎，然后松开止血钳。切口敷以凡士林纱布。