中医治疗肛瘘病可以用熏洗疗法，主要用于术前术后的治疗，起到消肿止痛的效果。药物可以用：菊花，黄柏，蒲公英等。主要起到清热解毒，消肿止痛，祛湿止痒的功效。可以先熏蒸，然后再用药水进行外洗。
中医方法较简单，并发症也少，分为切开方法和挂线方法。对于低位肛瘘，采用切开的方法或切除的方法，挂线分为挂实线、挂浮线、挂虚线等。所谓挂线，是在内口和外口之间挂一个丝线或橡皮筋，起到缓慢切割的作用。
肛瘘通过中医治疗效果不是太好的，是需要通过手术方法进行治疗，另外在治疗期间应该要注意局部卫生，不要吃辛辣刺激性的食物，应该要清淡饮食，不要吃油腻的食物，这样是有利于身体治疗的。
肛瘘属中医湿热下注型，是肛周脓肿的后遗症，肛隐窝呈漏斗状，易出现破溃感染，感染向下蔓延形成肛周脓肿，脓肿溃破后形成肛瘘，分为高位复杂性肛瘘、高位单纯性肛瘘、低位单纯性肛瘘、低位复杂性肛瘘四种类型，瘘口位于直肠外括约肌深层以上称为高位肛瘘，中医采用挂线疗法，其特点是可避免完全切除瘘道而致的肛门升高，因瘘道切除后不易吻合，愈合过程中肌肉收缩会引起肛门升高。
采用肛瘘切开挂线术进行治疗，通过皮筋或具有弹性的线对局部括约肌进行挂线，保证括约肌弹性功能，对局部肛瘘的瘘管壁、内口和外口进行处理，彻底去除干净后才能将局部的病灶彻底去除。