甲骨囊肿是需要手术切除的，药物是没有治疗效果的，要到正规普外科诊治疗，这只是小手术，不用太担心。如果囊肿较小可以先不治疗，平时多观察，如果囊肿较大，出现疼痛，就得手术切除。
骨囊肿有很多种，绝大部分骨囊肿是良性的，一般没有任何临床表现。如果囊肿小的话，没有任何表现，如果囊肿长大了，可以发生骨骼膨胀变形。再就是机械力度下降，在受力的剧烈运动的时候负重的时候会感觉患部的疼痛。可能某种意外用力，因为骨骼的力学结构发生了改变，会导致病理性骨折，才发现有骨囊肿。骨囊肿绝大部分都是良性，经过及时的处理，刮除治疗固定可以完全恢复，恢复到完全正常。
骨囊肿属于骨骼的良性病变，自愈的可能性小。骨囊肿可能表现为骨骼局部的凸起包块，有的伴随轻微疼痛不舒服，有的也可能没有明显症状。可以通过骨骼X片检查判断骨囊肿的部位和大小。对于骨囊肿的治疗选择局部手术刮除，如果骨囊肿较大，必要时植骨内固定治疗。
骨囊肿手术一般需要在麻醉下做。
四肢长骨干骺端可能会形成骨囊肿，造成局部病变，前期可能会没有明显症状，但是后期可能会导致疼痛。此时患者一般需要及时进行手术治疗，需要在麻醉下进行手术，在骨囊肿附近的皮肤表面进行切口，随后将骨囊肿璧切开，刮除囊肿，再进行植骨，同时需要在局部进行内固定或外固定，以促进愈合。手术后患者需要适当休息，避免剧烈运动。
一般颌骨囊肿都会做外科手术，具体要看具体的部位和体积。
有的部位的囊肿不需要做外科手术，例如某些位于根尖的微小囊肿，一般都可以通过牙科的方法来彻底治愈。另外，也会出现在骨骼的中心，也会出现在下颌升支的部位，囊肿很大，一般情况下，可以采用的是打开的方式来处理，就是通过对囊肿进行开窗减压，使囊肿变成一个袋子，逐渐的收缩，拉张成骨，等体积变小，再做外科手术，这样的损伤相对来说是很轻的。
舌骨囊肿一般指甲状舌骨囊肿，而甲状舌骨囊肿手术当天可以吃饭，但只能吃流食。
甲状舌骨囊肿是一种先天性囊肿，源于甲状舌管的残余上皮，可能是甲状舌管退化不全导致的，临床上一般以手术切除进行治疗为主，如果是局部麻醉，术后两小时可以进食流食；如果是在全麻下进行手术，术后六小时可以进食流食，而手术三天后可以进食半流质饮食，术后十天可以普通饮食。