两者在化学结构上有所差别，其抗菌作用有相同的地方，但左氧氟沙星的抗菌谱更广，抗菌作用更强。氟哌酸主要用于肠道的感染，如感染性腹泻、细菌性痢疾等。左氧氟沙星除了用于肠道感染外，还可以用于呼吸道感染、泌尿生殖系统感染以及皮肤软组织感染。左氧氟沙星的副作用要比氟哌酸小，但价格要比氟哌酸贵。
不可以一起吃，氟哌酸即诺氟沙星胶囊，诺氟沙星和左氧氟沙星均为喹诺酮类抗生素药物，可用于敏感性致病菌引起的感染性疾病。诺氟沙星多适用于肠道感染和泌尿道感染，左氧氟沙星除适用于泌尿道和肠道感染外，还可用于呼吸道感染。
乳酸左氧氟沙星是脂溶性的药物，盐酸左氧氟沙星是水溶性的药物。在人体组织中，大部分细胞壁都是脂溶性的，对脂质更有亲和力，也有一部分对水溶性的更有亲和力。对于泌尿系感染，盐酸左氧氟沙星疗效好些，而对于呼吸道感染，乳酸左氧氟沙星效果好些。
两者就是制药工艺上的区别，里面的有效成分都是一样的，都是左氧氟沙星，在药代动力学方面，它特点是口服之后吸收比较完全，相对生物利用度达到95%-100%，血药达峰时间是1小时。
阿奇霉素是一种大环内酯类抗生素，所针对的主要是革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌及厌氧菌感染都有很好的效果，盐酸左氧氟沙星属于喹诺酮类的抗生素，主要是针对敏感菌所导致的感染，尤其是针对泌尿生殖系统方面的感染有特效，针对急性的肾盂肾炎、复杂尿路感染、急性前列腺炎、急性附睾炎、盆腔感染、急性子宫附件的炎症都可应用。
两者都是抗菌药物。两药的抗菌谱不同，后者作用于革兰氏阴性菌，对多数肠杆菌科细菌和某些非典型病原体有良好的抗菌活性，对革兰氏阳性球菌和铜绿假单胞菌几乎无活性。前者是在后者的基础上，扩大了对细菌非典型病原体的抗菌谱和抗菌活性。在应用方面，后者主要用于单纯性尿路感染，肠道感染，而前者除此之外，还可用于呼吸系统感染，生殖系统感染，皮肤感染等。